1．在电泳槽内加入约2.2升合适的电泳缓冲液。
2．打开主机开关，待主机自检结束后，打开循环泵开关，使电泳缓冲液开始循环，泵的速度设在“70”左右。然后开启冷凝系统开关，按“set temp”键设置所需电泳温度，按“actual temp”显示实际温度。
3．灌胶，等胶凝固后，上样。
4． 待电泳缓冲液到达设置的温度后，将加好样的凝胶连同底座一起放入电泳槽内的黑色方框内，并保证电泳缓冲液超过胶面1-2mm，盖好电泳槽盖。
5． 在主机上设置电泳程序，先选择采用哪种类型程序，例如常用的Two State方法:

(1) 按 TWO STATE键, 屏幕显示“You will destroy the last program - Go on? ”, 输入”1”确认后, 系统显示 

输入相应的参数后, 按ENTER键,屏幕显示

输入相应的参数后, 按ENTER键确认 ( 其中Ramping factor默认是线性增长, 如果欲采用默认值直接回车即可)。CHEF Mapper 屏幕会显示A Program is in memory. Please enter another command. 若需存储程序，按STORE PGM进行存储。按 START RUN即开始运行，此时可观察到电泳槽内电极开始出现气泡。
 (2) 如选用auto algorithm方法, 按“auto algorithm”键,键入欲得到的线性范围的大片段和小片段的kb数，确认所有给出参数，按“start run”键，即可进行电泳。
(3) 如选用Multi State及FIGE方法,请参阅说明书。
6．电泳开始后，“high voltage”灯亮，此时切不可打开电泳槽盖进行操作，以免发生触电危险。
7．电泳结束后，“high voltage”灯灭。依次关掉冷凝系统，主机开关，然后可取出凝胶，染色观察。最后放出使用过的电泳缓冲液，若长时间不用，需用蒸馏水循环冲洗系统，晾干。
8．如需详细说明，请参阅说明书。